Rozpoczęcie pracy w Instytucie Filologii Germańskiej Uniwersytetu Wrocławskiego w październiku 2004 r., po uzyskaniu stopnia doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie językoznawstwo. Stopień doktora habilitowanego w 2015 r., a tytuł profesora nauk humanistycznych w dyscyplinie jezykoznawstwo w listopadzie 2022 r. Praca na stanowiskach naukowo-dydaktycznych – asystenta (2004-2005), adjunkta (2005-2020), profesora Uniwersytetu (2020-2022). Obecnie, od grudnia 2022 r. zatrudniona na stanowisku profesora. Od 1 czerwca 2012 r. funkcja p.o. kierownika Zakładu Lingwistyki Stosowanej w Instytucie Filologii Germańskiej Uniwersytetu Wrocławskiego, a od czerwca 2016 r. kierownik Zakładu Lingwistyki Stosowanej w Instytucie Filologii Germańskiej Uniwersytetu Wrocławskiego. W latach 2004-2010 wykładowca i starszy wykładowca w Instytucie Języków Obcych Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej im. Aneglusa Silesiusa w Wałbrzychu, w latach 2004-2007 dyrektor Instytutu Języków Obcych w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej im. Angelusa Silesiusa w Wałbrzychu.

Autorka trzech monografii jednoautorskich: Joanna Szczęk (2010): Auf der Suche nach der phraseologischen Motiviertheit im Deutschen (am lexikographischen Material). Wrocław-Dresden: Atut-Neiße Verlag; Joanna Szczęk (2015): Absageschreiben auf Bewerbungen. Eine pragmalinguistische Studie. Berlin: Frank & Timme; Joanna Szczęk (2021): Phraseologie und Parömiologie in der germanistischen Forschung in Polen. Hamburg: Verlag Dr. Kovač 2021, jednej monografii we współautorstwie: Marcelina Kałasznik / Joanna Szczęk (2020): Kulinarische Onomastik an gewählten deutschen und polnischen Beispielen. Berlin: Peter Lang, jednego słownika: Joanna Szczęk (2017): Phraseologie der Farben. Phraseologisches Wörterbuch Deutsch-Polnisch, Polnisch-Deutsch. Berlin: Frank & Timme; współautorka 5 podręczników do nauki języka niemieckiego (Abitur, Fokus WSiP), autorka i współautorka ponad 300 artykułów naukowych i rozdziałów w tomach zbiorowych wydanych w polskich i zagranicznych wydawnictwach; współredaktorka ponad 30 tomów zbiorowych wydanych we współpracy z germanistami reprezentującymi zagraniczne ośrodki i polskie ośrodki naukowe, w tym czterech tomów w wydawnictwach z tzw. drugiego poziomu wydawców; współredaktorka dwóch czasopism naukowych o zasięgu międzynarodowym: Linguistische Treffen in Wrocław (półrocznik) – od 2007 r. 28 tomów czasopisma, w czerwcu 2023 r. czasopismo zostało zaindeksowane w bazie Scopus oraz Zeitschrift für Mitteleuropäische Germanistik (rocznik) (od 2019 r.), współredaktorka miedzynarodowych naukowych serii wydawniczych: Studia Phraseologica et Phraseologica (Verlag Dr. Kovač), Doktorandenforum. (Leipziger Universitätsverlag), Fields of Linguistics (V&R Verlage), Studia Culinaria Interdisciplinaris (Verlag Dr. Kovač).

Inicjatorka i organizatorka cykli międzynardowych konferencji naukowych: Linguistische Treffen i Wrocław, Tage der Angewandten Linguistik we współpracy z Uniwersytetem Technicznym w Dreźnie, Internationale Tagung zur Phraseologie und Parömiologie, Kulinarische Welt in Sprache, Literatur und Kultur we współpracy z Uniwersytetem Humanistyczno-Przyrodniczym im. Jana Długosza w Częstochowie. W latach 2018–2021 współrealizowała w UWr międzynarodowy projekt Erasmus+: Internationalisierung und Weiterentwicklung des Doktorandenstudiums.

Od 2007 r. pełni funkcję rzeczoznawcy podręczników do nauczania języka niemieckiego w Ministerstwie Edukacji i Nauki (wcześniej MEN), opracowała opinie ponad 160 podręczników dla wszystkich etapów edukacyjnych. Członkini Stowarzyszenia Germanistów Polskich, Mitteleuropäischer Germanistenverband, PTLS, PTN oraz Europhras. Od 2018 r. pełniła funkcję przewodniczącej Środkowoeuropejskiego Stowarzyszenia Germanistów (MGV), w 2023 r. została ponownie wybrana na przewodniczącą na drugą kadencję. Od lutego 2023 r. przewodnicząca oddziału Wrocław Gesellschaft für deutsche Sprache. Członkini zarządu stowarzyszenia Europäische Gesellschaft für Phraseologie oraz komitetu naukowego czasopisma Yearbook of Phraseology. W grudniu 2024 r. otrzymała nominację na członkinię Międzynarodowej Rady Naukowej w Leibniz-Institut für Deutsche Sprache w Mannheim. Od 2018 r. członkini Komisji Frazeologicznej Komitetu Językoznawstwa PAN, przewodnicząca oddziału Wroscła Gesellschaft für deutsche Sprache, członkini zarządu Gesellschaft für deutsche Sprache. Jest również członkinią Management Committee w akcji COST ACTION: CA22115 w ramach projektu Multilingual Repository of Phraseme Constructions in Central and Eastern European Languages (PhraConRep)

Od 2023 r. uczestniczy w realizacji projektu COST ACTION: CA22115, A Multilingual Repository of Phraseme Constructions in Central and Eastern European Languages (PhraConRep), grant holder: Uniwersytet Marcina Lutra w Halle oraz Uniwersytet J. Strossamyera w Osijeku, Uczestniczyła jako wykonawca projekcie „Cyfrowa infrastruktura badawcza dla humanistyki i nauk o sztuce DARIAH-PL” w ramach ministerialnego programu Program Operacyjny Inteligentny Rozwój 2014-2020, priorytet IV: Zwiększenie potencjału naukowo-badawczego, działanie 4.2: Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki.

Odbyła liczne staże zagraniczne pod opieką wybitnych naukowców – 1998 (Uniwersytet w Würzburgu), 2002 (Freie Universität w Berlinie), 2007, 2009, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 20216, 2017, 2018, 2019 (Uniwersytet Lipski), 2010 (Uniwersytet w Bochum), 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2023 (Uniwersytet Techniczny w Dreźnie), 2022 (Uniwersytet Wiedeński).

Wzięła aktywny udział w ponad 150 konferencjach naukowych krajowych i zagranicznych, na wielu wygłaszała wykłady plenarne na zaproszenie, np. Wrocław 2019, 2021, Katowice 2021, Łódź 2022, Ostrava 2024, Mediolan 2023 i in. W 2023 r. wygłosiła na zaproszenie 8 wykładów gościnnych w Uniwersytecie Gdańskim, w latach 2022-2023 – wykłady gościnne w Uniwersytecie Śląskim w Katowicach, 2022 –wykład w Uniwersytecie w Innsbrucku, 2023 –wykłady w Uniwersytecie w Erfurcie, 2022-2023 –wykłady gościnne w Uniwersytecie Wiedeńskim, 2025 – Uniwersytet w Ołomuńcu, Uniwersytet Lwowski, 2026 – Uniwersytet Śląski w Katowicach.

Angażuje się również w działalność związaną z popularyzacją nauki. Od 2021 r. jest wykładowcą w projekcie LernRaum i wygłosiła ponad 50 popularyzatorskich wykładów dla członków stowarzyszeń mniejszości niemieckiej w Polsce. Aktywnie uczestniczy również w kolejnych edycjach Dolnośląskiego Festiwalu Nauki, od 2017 r. zrealizowała ponad 10 wykładów dla uczestników festiwalu, aktywnie uczestniczy we współpracy Instytutu Filologii Germańskiej UWr ze szkołami – ponad 10 wykładów dla szkół. W latach 2017-2019 prowadziła wykłady metodyczne dla nauczycieli w w Ośrodku Metodycznym w Gorzowie Wielkopolskim.

Jest organizatorką wykładów naukowych z zakresu językoznawstwa. Jest pomysłodawczynią i inicjatorką Kolokwium Lingwistycznego w IFG UWr. Od marca 2021 r. odbyło się 57 wykładów naukowych wygłoszonych przez wybitnych naukowców o światowej renomie. Na zaproszenie prof. dr hab. Joanny Szczęk w IFG UWr wybitni naukowcy zrealizowali również pobyty w ramach IDUB – profesury gościnne prof. dr. dr. Georga Schuppenera, prof. dr. Heinza-Helmuta Lügera, prof. dr Csaby Földes, prof. dr dr h.c. Ernesta Hess-Lütticha, prof. dr Khrystyny Dyakiv. W ramach projektu „W poszukiwaniu doskonałości dydaktycznej” w UWr, w którym współuczestniczyła prof. dr hab. Joanna Szczęk odbyło się w IFG UWr w 2023 r. 7 wykładów metodycznych w dyscyplinie jezykoznawstwo, które zostały wygłoszone przez wybitnych specjalistów reprezentujących subdyscypliny językoznawcze.

Była promotorem prac dyplomowych: licencjackich – ponad 160 wypromowanych prac w IFG UWr, 81 wypromowanych prac w PWSZ w Wałbrzychu, oraz magisterskich – ponad 30 wypromowanych prac w IFG UWr. Wypromowała dwoje doktorantów – dr Krystian Suchorab (2023), dr Aleksandra Kamińska (2025), brała udział jako ekspert zewnętrzny w ocenie śródokresowej doktorantów z Uniwersytetu Szczecińskiego oraz Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, przeprowadziła tutoring doktorancki dla doktoranta Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, przygotowała recenzje w ponad 15 przewodach doktorskich, trzy recenzje w przewodach habilitacyjnych, 1 recenzję w postępowaniu profesorskim w uczelni zagranicznej (Uniwersytet w Presovie, Słowacja). Przygotowała recenzje wydawnicze ponad 15 monografii jednoautorakich doktorskich, habilitacyjnych i bezawansowych, ponad 10 tomów zbiorowych, ponad 200 recenzji artykułow naukowych dla czasopism naukowych polskich i zagranicznych. W latach 2016-2019 pełniła funkcję przewodniczącej Instytutowego Zespołu ds. Monitorowania Jakości Kształcenia w IFG UWr. Jest licencjonawanym egzaminatorem certyfikowanych egzaminów TELC.

Za swoją działalność otrzymała wielokrotnie nagrodę Rektora Uniwersytetu Wrocławskiego za działalność naukową, organizacyjną i dydaktyczną. W 2023 r. otrzymała nagrodę „Najlepsi wśród najlepszych – w poszukiwaniu doskonałości dydaktycznej” ramach programu IDUB.